- Mecanismo Político de Alto Nivel
El Mecanismo Político de Alto Nivel Colombia-Uruguay fue creado en el año 2011 con el objetivo de hacer seguimiento periódico a los asuntos de la agenda bilateral. Su última reunión fue celebrada el 5 de agosto de 2011 en la ciudad de Bogotá. Este mecanismo se convoca a nivel de Viceministros de Relaciones Exteriores.
- Comisión Mixta de Cooperación
En lo concerniente a la Cooperación horizontal, se tiene la Comisión Mixta de Cooperación Técnica, Científica, Cultural, Educativa y Deportiva, creada mediante el Acuerdo Básico de Cooperación Técnica y Científica suscrito por ambos países el 31 de enero de 1989. En la IV Reunión de la Comisión Mixta, celebrada el 18 de noviembre de 2013 en la ciudad de Bogotá, se acordó el Programa de Cooperación Binacional 2013-2015 y se definieron proyectos en los sectores de Ciencia y Tecnología, Agropecuario, Desarrollo Social, Salud y Medio Ambiente.
- Comisión Mixta en Materia de Drogas
Colombia y Uruguay cuentan con una Comisión Mixta en Materia de Drogas, creada el 31 de enero de 1989; su más reciente reunión se realizó los días 18 y 19 de abril de 2013 en la ciudad de Montevideo; en esa oportunidad, se abordaron temas relacionados con el intercambio de información financiera, la cooperación judicial y la lucha contra el lavado de activos; el intercambio de información de inteligencia, y el diálogo político sobre escenarios de políticas públicas regionales e internacionales para combatir el problema mundial de las drogas.
- Comisión de Asuntos Económicos
El Memorando de Asociación Estratégica del 25 de julio de 2013 estableció la Comisión de Asuntos Económicos; esta nueva instancia de diálogo buscará la profundización del marco que regula las relaciones económico-comerciales entre Colombia y Uruguay.